理化学研究所 計算科学研究機構

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超並列分子動力学ソフトウェア「GENESIS」最新版を公開 ―超並列計算に適した手法の拡張、GPGPU対応により、様々な生体システムの研究が可能に

計算科学研究機構、粒子系生物物理研究チームは、昨年5月に公開した分子動力学法ソフトウェア「GENESIS」に新規手法や機能を追加した新バージョン1.1.0を、7月29日からGPLv2ライセンスに基づくオープンソースソフトウェアとして公開しました。「京」にもインストールされています。

新しいバージョンでは、「京」を活用した巨大生体分子システムのシミュレーションが更に高速化されています。また、多数の演算装置を効率的に活用して生体システム内での反応解析を行うための手法も拡張されています。また、GPGPU(General-purpose computing on graphics processing units)の活用においても、複数の計算機を同時に用いる超並列計算が可能になりました。これらの拡張により、創薬計算などにより幅広く利用できることが期待されます。

GENESISのサイトも一新され、コードやマニュアル、テストセットもサイトから直接ダウンロードできるようになりました。また、チュートリアルやベンチマークを随時追加し、ユーザの研究支援に役立てます。

GENESISのウェブサイト
http://www.aics.riken.jp/labs/cbrt/