GENESIS papers

2017

  • Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yasuhiro Matsunaga, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Koichi Tamura, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita, “GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms”, J. Comput. Chem. 38, 2193 (2017) (DOI: 10.1002/jcc.24874).
  • Jaewoon Jung and Yuji Sugita, “Multiple program/multiple data molecular dynamics method with multiple time step integrator for large biological systems”, J. Comput. Chem. 38, 1410 (2017).

2016

  • Jaewoon Jung, Akira Naruse, Chigusa Kobayashi, and Yuji Sugita, “Graphics processing unit acceleration and parallelization of GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations”,  J. Chem. Theory Comput. 12, 4947 (2016).
  • Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, and Yuji Sugita, “Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms”, BBA-Biomembranes, 1858, 1635-1651 (2016).
  • Yasuhiro Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita, “Dimensionality of collective variables for describing conformational changes of a multi-domain protein”, J. Phys. Chem. Lett., 7, 1446-1451 (2016).
  • Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Toshiyuki Imamura, and Yuji Sugita “Parallel implementation of 3D FFT with volumetric decomposition schemes for efficient molecular dynamics simulations”, Comp. Phys. Comm., 200, 57-65 (2016).  

2015

  • Yasuhiro Matsunaga, Akinori Kidera, and Yuji Sugita, “Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data”, J. Chem. Phys., 142, 214115 (2015).
  • Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Ryotaro Koike, Motonori Ota, and Yuji Sugita, “Domain Motion Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins”, J. Phys. Chem. B, 119, 14584-14593 (2015).
  • Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, and Tomoya Tsukazaki, “Crystal structures of SecYEG in lipidic cubic phase elucidate a precise resting and a peptide-bound state”, Cell Reports, 13, 1561-1568 (2015).
  • Raimondas Galvelis and Yuji Sugita, “Replica state exchange metadynamics for improving the convergence of free energy estimates”, J. Comput. Chem., 36, 1446-1455 (2015).
  • Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, and Yuji Sugita, “GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations”, WIREs Comput. Mol. Sci., 5, 310-323 (2015).  

2014

2013

Other publications

publication lists

 

  • 超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS」を開発-「京」を活用し巨大生体分子システムのシミュレーションを実現- 理化学研究所 (2015年5月8日) 
  • The genesis of GENESIS-RIKEN Research SUMMER 2015 
  • 「京」とGENESIS で細胞の中を観る-RIKEN NEWS 2015年10月号 
  • 「京」を活用して巨大生体分子システムの分子動力学シミュレーションを実現-BioSupercomputing Newsletter 2015年9月号 
  • 速く!大規模に!精密に!タンパク質の動きを解析する超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS」- 理化学研究所計算科学研究機構 
  • “理研、生体分子解析シミュレーションソフト「GENESIS」を無償公開” 日刊工業新聞 25面(2015年5月26日)
  • “タンパク質分析より詳細に シミュレーションソフト開発 「京」で活用 創薬への応用期待” 神戸新聞 11面 (2015年5月16日)
  • “理研、超並列分子動力学計算ソフトウェアを開発―スパコン「京」で巨大生体分子システムをシミュレーション” 財経新聞 (2015年5月12日) 
  • “理研、超並列分子動力学計算ソフト「GENESIS」を無償公開” マイナビニュース (2015年5月11日) 
  • “並列計算高速に、理研、スパコン向けソフト、新薬開発に道” 日経産業新聞10面 (2015年5月9日)
  • “理研、スパコン向けシミュレーションソフトを OSS で公開” インターネットコム (2015年5月9日) 
  • “理研、分子動力学シミュレーションソフト「GENESIS」を無償公開” PC Watch (2015年5月8日)