PCA拘束のTMD

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  • #6341

    yukoito
    Participant

    産総研の伊藤と申します。

    Y. Matsunaga, et al. 2012 で使われていた

    PCAで拘束をかけたTMDを行いたいのですが、

    この手法はatdynでのみ可能なのでしょうか?

     

  • #6342

    yasu
    Moderator

    伊藤さま

    ご質問ありがとうございます。お返事が遅くなってしまい申し訳ありませんでした。

    ご質問の通り Y. Matsunaga, et al. PLoS Comput. Biol. 2012では
    Principal Component空間(20次元)で、Q0からQ1へ向けて一直線にRestraintを動かす
    シミュレーションを行ってストリング法の初期パスを作っています。
    しかしすみません、この論文ではGENESISではなく、mu2libというソフトのほうを使っています。
    現在のGENESISでは、atdynは普通のPCA拘束に対応していますが(申し訳ないですがspdynはまだ対応してません、マニュアルを修正します)、
    Restraintを動かす(TMDともSteered MDとも呼ばれる)計算には対応していません。

    もし目的の構造へとにかく変化させたいということであれば、RMSDベースのTMDもしくはSteered MDが使用できます。
    マニュアルの Chapter6 Dynamics をご覧ください
    http://www.aics.riken.jp/labs/cbrt/?smd_process_download=1&download_id=6320

    また、もしTMDのあとでストリング法を行いたいということであれば、
    rpath_generatorというセットアップツールがGENESISに付属していますのでそれをお使いください。
    rpath_generatorはTMD/SteeredMDのトラジェクトリを処理してストリング法の入力を作成します。
    簡単にですが、rpath_generatorについてTutorialで解説しています:
    http://www.aics.riken.jp/labs/cbrt/tutorial/advanced_md_tutorials/tutorial-3-2/#324Prepare_inputs_forstring_method_rpath_generator

    他にご不明な点等ございましたら遠慮なくご連絡ください。

    松永

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