理化学研究所 計算科学研究機構

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第100回

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第100回
日時: 2016年10月19日(水)、15:30 – 16:30
場所: AICS 6階講堂

・講演題目: REST法で探るタンパク質の構造空間
・講演者: 神谷 基司(粒子系生物物理研究チーム)
※発表は日本語、スライドは英語。

講演要旨: 詳細を見る

古典分子動力学法を用いた原子レベルでのタンパク質の研究において、構造探索は非常に重要な問題である。単純に安定な構造を探る時はもちろん、薬剤のようなリガンドとタンパク質の結合に伴う構造変化や自由エネルギー解析等、様々な状況で構造探索は重要な問題と関連する。そのため、レプリカ交換法をはじめ様々な方法が開発、利用され、その効率化が図られ続けている。そして近年、レ プリカ交換法の一種であり、計算量を抑えつつも、効率的に構造探索を行えるREST法(Replica Exchange with Solute Tempering法)が開発された。このREST法は強力な方法ではあるものの、安定な構造に一旦捕らわれると中々脱出できないという問題もまた持っている。そこで、このREST法を修正し、より柔軟で効率的な形にすることを試みた。本研究ではその新しい方法を人工タンパク質である TRPcage(TC5b)のフォールディングと構造探索に適用し、従来のREST法との比較を行った。その結果、新しい方法では必要な計算量を抑え、REST法で見られたトラッピングの問題を解消できることがわかった。